Marraskuun 1944 alussa tapahtuneen suojeluskuntien lakkauttamisen jälkeen alkoi näyttää ilmeiseltä, että Lotta Svärdille kävisi samoin. Valtioneuvosto lakkautti Lotta Svärd r.y.:n alayhdistyksineen 23. marraskuuta 1944. Lakkautus koski kaikkiaan noin 240 000 lottaa ja pikkulottaa. Lottapukujen ja järjestötunnusten käyttö kiellettiin.

V_169_6_Lotta_Svard_-jarjeston_lopettajaiset_Kaavin_kirkonkylassa_syksylla_1944

Lotta Svärd -järjestön lopettajaiset Kaavin kirkonkylässä syksyllä 1944. (Lottamuseo)

Lotat ehtivät pelastaa osan omaisuudestaan tekemällä lahjoituksia paikallis- ja piiritasolla sekä ohjaamalla varoja lokakuussa 1944 perustamaansa Suomen Naisten Huoltosäätiöön. Se osa omaisuudesta, jota ei ehditty lahjoittaa ennen lakkauttamista, jouduttiin luovuttamaan Suomen valtiolle. Myöhemmin nämä varat ohjattiin varta vasten perustettuun Alli Paasikiven Säätiöön, jonka tehtäväksi määriteltiin kotiin ja perheeseen liittyvän tutkimuksen tukeminen.

Omaisuuden lisäksi lottaosastojen tuli luovuttaa arkistonsa. Tämä aiheutti pelkoa, koska ei tiedetty, mihin tietoja käytettäisiin. Tämän vuoksi osa arkistoaineistosta – erityisesti jäsenluetteloita – tuhottiin. Arkistoja ja paikallisosastojen muuta aineistoa myös piilotettiin. Valtiolle luovutettu arkistoaines järjestettiin ja sijoitettiin Sota-arkistoon. Myös yksittäiset lotat tuhosivat ja piilottivat omasta lottahistoriasta kertovia esineitä ja dokumentteja.

Heti sodan jälkeisinä vuosina äärivasemmiston keskuudessa eli epäily, että lotat pyrkivät jatkamaan toimintaansa erilaisissa peitejärjestöissä. Tarkkailun kohteena oli erityisesti marraskuun 1944 alussa perustettu Työmaahuolto r.y., joka muonitti Lapin jälleenrakennustyömaita ja tarjosi näin työtä erityisesti kotinsa menettäneille siirtolotille. Työmaahuoltoa kuvailtiin “syksyllä 1944 lakkautetun oikeistopolitiikan amatsonitukijärjestön Lotta-Svärdin naamioiduksi jatkajaksi”.