Jatkosodan päättäneeseen, 19. syyskuuta 1944 allekirjoitettuun välirauhansopimukseen kuului Neuvostoliiton vaatimus tiettyjen, sille vihamielisiksi koettujen, järjestöjen lakkauttamisesta. Kyseessä oli välirauhansopimuksen 21. artikla, jossa todettiin:
“Suomi sitoutuu heti hajoittamaan kaikki sen alueella toimivat hitleriläismieliset (fascisminluontoiset) poliittiset, sotilaalliset ja sotilaallisluontoiset samoinkuin muutkin järjestöt, jotka harjoittavat Yhdistyneille Kansakunnille ja erityisesti Neuvostoliitolle vihamielistä propagandaa, sekä vastaisuudessa olemaan sallimatta tämäntapaisten järjestöjen olemassaoloa.”
Artiklan tekstin tulkinta oli kuitenkin mutkikasta, sillä se ei yksiselitteisesti määritellyt mitä kaikkia järjestöjä kyseinen hajotusmääräys koskee. Fasismi tulkittiin Suomessa terminä hyvin eri tavoin kuin Neuvostoliitossa, jossa se stalinistisessa hengessä viittasi kaikkiin neuvostojärjestelmää vastustaviin tahoihin, joskus jopa sosiaalidemokraatteihin.
Aluksi lakkauttamiset pyrittiin tekemään Suomen sisäisenä asiana ja laillisen järjestyksen mukaisesti, ilman Neuvostoliiton puuttumista artiklan tulkintaan. 23. syyskuuta 1944 valtioneuvosto teki Valtiollisen poliisin (Valpo) antaman listan mukaisesti ensimmäisen lakkautuspäätöksen. Lakkautettuihin järjestöihin kuuluivat Neuvostoliittoon Valpon mielestä kaikkein räikeimmin vihamielisesti suhtautuvat järjestöt, kuten Suomen Kansallissosialistinen Työväenpuolue, SS-Aseveljet, Isänmaallinen Kansanliike ja Akateeminen Karjala-seura sekä lukuisia muita, yhteensä 420 rekisteröityä yhdistystä.
Lokakuun 12. lakkautettiin kansainvälisen oikeuden dosentti Erik Castrénin hallitukselle antaman lausunnon perusteella kuusi järjestöä lisää, joukossa myös Vapaussodan Kenttäharmaat, arvovaltainen helsinkiläinen sisällissodan asevelijärjestö, jonka tulkittiin olevan liiankin vapaussotahenkinen ja siten Neuvostoliiton vastainen. Tämä lakkautuspäätös oli kuitenkin siinä mielessä käänteentekevä, että nyt päätettiin lakkauttaa järjestö, joka ei julkisesti ollut Neuvostoliiton vastainen (toisin kuin esimerkiksi Akateeminen Karjala-seura), mutta jonka piirissä toimivat henkilöt saattoivat sitä olla.
Vapaussodan Kenttäharmaat kuului jäsenjärjestönä Rintamamiesliittoon, joka oli valtakunnallinen vapaussodan, talvisodan ja jatkosodan veteraanijärjestö. Jo ennen Vapaussodan Kenttäharmaiden lakkautusta, 3. lokakuuta, Neuvostoliiton valvontakomission poliittinen asiantuntija Pavel Orlov tiedusteli ulkoministeri Enckelliltä, lakkautetaanko myös Rintamamiesliitto, jos kerran sen jäsenjärjestönkin tulkitaan olevan vihamielinen Neuvostoliittoa kohtaan. Näin siis Neuvostoliitto aloitti puuttumisensa artiklan soveltamiseen, jonka olisi pitänyt olla Suomen sisäinen asia.
Hallitus pelästyi Neuvostoliiton uteluista sen verran paljon, että sisäministeri Hillilä yritti saada Rintamamiesliiton lopettamaan toimintansa vapaaehtoisesti, ennen kuin se jouduttaisiin lakkauttamaan väkisin. Ministeri Orloville ehdittiin jo ilmoittaa, että myös Rintamamiesliitto lakkautetaan. Rintamamiesliitto se ei tähän kuitenkaan suostunut, eikä se kuulunut aiemmin mainittuun, 12. lokakuuta julkaistuun, lakkautuslistaan. Niinpä Rintamamiesliitto lakkautettiin hallituksen erillisellä päätöksellä 19. lokakuuta. Samalla lakkautettiin myös kaikki sen alajärjestöt ja sisarjärjestöt, yhteensä 298 yhdistystä. Nyt artiklan tulkinta oli siis edennyt jo varsin pitkälle. On varsin kyseenalaista, olivatko kaikki nämä sadat paikalliset veteraanijärjestöt todella Neuvostoliitolle vihamielisiä, vaikka osa niiden jäsenistöstä olikin ollut vuonna 1918 kukistamassa kommunistien vallankaappausta. Oli vain ajan kysymys, milloin tulkinta etenisi koskemaan myös suojeluskuntia, jotka voitiin aivan yhtä suorasti (tai epäsuorasti) liittää vuoden 1918 tapahtumiin. Neuvostoliiton näkökulmasta suojeluskuntien voitiin katsoa olleen vastuussa siitä, että Suomen kansa ei päässyt osaksi kansainvälistä kommunistista vallankumousta ja sen tuomia hyötyjä.
Suojeluskuntien ja lottajärjestön lakkauttamista olikin vaadittu jo voimakkaasti ja pitkään: Neuvostoliitossa jo jatkosodan aikana, ja Suomessa vasemmiston piirissä heti sodan päätyttyä. Neuvostoliiton yleisesikunta ehdotti suojeluskuntien lakkautusta 26. lokakuuta 1944. Erityisen kiivaasti asiaa ajoi Valvontakomission puheenjohtaja kenraalieversti Andrei Ždanov. Hänen oli vaikea ymmärtää, miten vuoden 1918 sosialistisen vallankaappausyrityksen kukistajajärjestö ei olisi Neuvostoliiton vastainen. Ždanoville oli epäilemättä annettu Moskovasta tiukat ohjeet asian hoitamiseksi. Hän ilmaisi jo heti saavuttuaan Helsinkiin 10. lokakuuta pääministeri Castrénille tahtonsa suojeluskuntien lakkauttamiseen, mutta suostui kuitenkin odottamaan tarkempia selvityksiä. Odotusta ei kestänyt kauan, sillä hän vaati suoraan presidentti Mannerheimilta suojeluskuntien lakkauttamista 30. lokakuuta lähettämässään kirjeessä.
Suojeluskunnissa oli kuitenkin jo ennakoitu tilanteen kehittyminen, ja suojeluskuntien komentaja Lauri Malmberg oli kutsunut koolle suojeluskuntien ylimääräisen edustajakokouksen jo 29. syyskuuta, jossa hän kertoi suojeluskuntapiireille luultavasti tulossa olevasta lakkautuspäätöksestä. Kokouksessa sovittiin jo alustavasti järjestön omaisuuden luovuttamisesta Punaiselle Ristille ja maanpuolustustyön jatkamisesta urheilu- ampuma- ja asevelijärjestöissä. Suojeluskuntien pelastamiseksi kehitettiin myös suunnitelmia perustaa uusi korvaava miliisilaitos, ja yritettiin (turhaan) vakuutella Neuvostoliitolle suojeluskuntien roolia osana puolustuslaitosta, joka toimi hallituksen ohjeiden mukaisesti ilman poliittista, Neuvostoliiton vastaista, agendaa.
Myös presidentti Mannerheim oli pyrkinyt välttämään sen tilanteen, että Neuvostoliitto ehtii vaatia suojeluskuntien lakkauttamista ja täten puuttuu Suomen sisäisiin asioihin. Tämän vuoksi hän oli jo ennen valvontakomission johtajan lähettämää kirjettä tullut siihen tulokseen, että suojeluskunnat kannattaa ajaa alas vapaaehtoisesti, ennen kuin Neuvostoliitto tekee sen tuhoisin seurauksin. Mannerheimin tiedotti kantansa apulaisulkoministeri A. E. Martolalle, joka tapasi suojeluskuntien komentaja Malmbergin 29. lokakuuta, kertoen tälle hallituksen esittävän eduskunnalle suojeluskuntalain kumoamista ja järjestön lakkautusta 31.10.1944. Suojeluskuntajärjestön kohtalo sinetöitiin siis sisäisesti, ennen Neuvostoliiton virallista käskyä, tosin aivan viime tingassa ja erittäin vastentahtoisesti.
Monissa suojeluskunnissa ja piireissä oli tehty valmistavia toimenpiteitä lakkautuksen varalta jo koko lokakuun ajan, heti syyskuun lopun ylimääräisestä edustajakokouksesta alkaen, joten lakkautuspäätös ei sinänsä tullut kenellekään yllätyksenä. Osa suojeluskunnista ehti myös luovuttaa omaisuuden pois ennen virallista lakkautuspäätöstä, sillä myös tulossa olevaa suojeluskuntien omaisuuden luovutusta osattiin ennakoida. Lokakuun 29. ja marraskuun 5. välillä lahjoitettiin pois lähes 300 suojeluskuntataloa ja yli 90 % suojeluskuntajärjestön omaisuudesta, eli erittäin merkittävä määrä.
Suojeluskuntien virallinen lakkautus seurasi pian. Suojeluskuntajärjestöstä vuonna 1927 annettu laki kumottiin eduskunnan päätöksellä 3.11.1944 ja 6.11. annettiin Puolustusministeriöstä päätös lakkauttaa kaikki suojeluskuntajärjestön toiminta 7.11. mennessä. Lakkautuspäätöksen jälkeenkin Valvontakomissio puuttui asioihin, esimerkiksi määräämällä, että jäsenluettelot ja kortistot on tuhottava (jottei niitä voitaisi käyttää vastarinnan organisoimiseen), ja että omaisuutta ei saa luovuttaa pois vapaasti. Neuvostoliittolaisille tuli jopa yllätyksenä, että lakkautettujenkin järjestöjen omaisuudella oli jonkinlainen lain tuoma suoja, ja että omaisuutta ei automaattisesti takavarikoitukaan suoraan valtiolle, kuten Neuvostoliitossa oli tapana.
Lakkautusvaatimus eteni suojeluskuntien jälkeen koskemaan myös Lotta Svärd –järjestöä, sillä sen kiinteä yhteys suojeluskuntiin oli yleisesti tiedossa, myös Neuvostoliitossa. Todellisuudessahan Lotta Svärd –järjestö oli rekisteröity yhdistys, jonka tehtäviin kuului esimerkiksi suojeluskuntien ja armeijan avustaminen, mutta se ei ollut juridisesti osa suojeluskuntia. Tosin valvontakomission näkökulmasta lotat olivat “naissuojeluskuntalaisia” ja heidän uskottiin jopa toimineen tarkka-ampujina rintamalla. Valvontakomissio vaati 21.11.1944 kirjeitse pääministeri Paasikiveä lopettamaan kaikki suojeluskuntien toimintaan liittyvät järjestöt, esimerkkinä juuri Lotta Svärd. Samoihin aikoihin myös Suomen Kommunistinen puolue vaati lottatoiminnan lopettamista. Lottajärjestö pyrki vielä itse muuttamaan sääntöjään siten, ettei lottia voisi enää suoranaisesti yhdistää suojeluskuntiin. Tämäkään ei kuitenkaan auttanut, vaan hallitus päätti lopettaa koko Lotta Svärd ry:n kaikkine alayhdistyksineen 23.11.1944.
Valvontakomissio edellytti myös kaikkien muiden suojeluskuntien tukijärjestöjen lakkauttamista, kuten kannatusyhdistysten. Ne lakkautettiin valtioneuvoston päätöksellä seuraavana päivänä, 24.11.1944 sekä joitakin lisää 18.1.1945. Monet kannatusyhdistyksistä ja tukijärjestöistä olivat kuitenkin suojeluskuntien tapaan jo luovuttaneen merkittävän osan omaisuudestaan muille tahoille. Tähän niillä olikin oikeus ennen lakkautuspäätöstä, sillä vuoden 1927 laki suojeluskunnista antoi suojeluskunnille oikeuden omaisuuden kartuttamiseen ja hallinnointiin. Sama oikeus koski luonnollisesti myös rekisteröityjä kannatusyhdistyksiä.
Valvontakomission ja suomalaisen vasemmiston mielestä suojeluskunnat tuli kuitenkin nähdä ennen kaikkea osana valtion hallintoa, joka oli sittemmin todettu yhteiskunnalle vaaralliseksi, eli siis vasemmisto- tai Neuvostoliitto-vastaiseksi. Tästä näkökulmasta katsottuna suojeluskuntien tai niihin liittyvien järjestöjen ei olisi pitänyt antaa luovuttaa omaisuuttaan pois, vaan kaikki olisi pitänyt tulla valtiolle, aivan kuten Neuvostoliitossa olisi toimittu. Suojeluskuntien omaisuusluovutusten tutkimisesta muodostui pitkä prosessi, jonka aikana perustettiin useita toimikuntia tutkimaan omaisuusluovutuksia ja niiden laillisuutta. Lopullisen sanan antoi vasta vuonna 1953 Lakkautettua suojeluskuntajärjestöä tutkineen komitean mietintö, joka puuttui joissakin tapauksissa omaisuuden luovutuksiin, mutta jätti kuitenkin valtaosan tapauksista rauhaan.