Suojeluskuntajärjestön selkärangan muodostivat paikalliset suojeluskunnat. Aiemmin taustaluvuissa kerrottiin, kuinka monelle paikkakunnalle perustettiin jo ennen vapaussotaa ja sen aikana erilaisia kaarteja ja suojeluskuntia. Näiden tehtävät olivat kuitenkin hyvin erilaiset kuin virallisilla suojeluskunnilla vuoden 1918 asetuksen jälkeen. Jokainen suojeluskunta piti myös virallisesti perustaa uudelleen asetuksen antamisen jälkeen, eli pitää perustava kokous, jossa valittiin asetuksen mukainen esikunta. Tosin usein jo aiemmin toiminut suojeluskunta vain virallistettiin syksyllä 1918. Toiminta oli kuitenkin muuttunut täysin: suojeluskunnan tehtävä ei enää ollut itsenäisyystaistelu eikä luokkasotakaan. Tosin itsenäisyyden puolustus ja uuden kapinan estäminen säilyivätkin asialistalla. Kyseessä oli nyt kuitenkin ennen kaikkia valtakunnan puolustuslaitoksen osa, eräänlainen kansalliskaarti, jonka tehtävät ja koulutus olivat kiinteäksi sidoksissa armeijan toimintaan.

Kussakin kunnassa oli yleensä yksi suojeluskunta. Pinta-alaltaan laajoissa kunnissa oli usein erillisiä kyläosastoja ja asukasluvultaan suurissa kaupungeissa toimi useita suojeluskuntia. Kaksikielisissä kunnissa oli usein erikseen suomen- ja ruotsinkielinen suojeluskunta. Esimerkiksi Porvoossa toimi sekä Porvoon suomalainen suojeluskunta että Borgå svenska skyddskår Toisaalta. myös kaksikielisiä suojeluskuntia oli, kuten Helsingissä toiminut Tykistösuojeluskunta-Artilleriskyddskåren. Aivan jokaisessa kunnassa ei myöskään ollut suojeluskuntaa, vaan se saattoi olla kuntien yhteinen. Suojeluskuntia oli vuoden 1919 lopussa 560 ja viimeisenä kokonaisena rauhan vuonna 1938 niitä oli jo 674.

Paikallisia suojeluskuntia johtivat jäsentensä vuosikokouksessa valitsema paikallisesikunta sekä palkattu paikallispäällikkö. Esikunta koostui aktiivisista suojeluskuntalaisista, jotka vuosikokous valitsi luottamustoimeen. Paikallispäällikkö oli työ, johon suojeluskuntajärjestö kiinnitti jo aivan erityistä huomiota, sillä suojeluskunnan paikallispäälliköllä oli usein erittäin suuri merkitys paikkakunnalla. Tämä korostui sota-aikana, jolloin suojeluskunnan paikallispäällikkö joutui hoitamaan monia eri viranomaistehtäviä oman suojeluskuntansa alueella. Paikallispäällikön ei välttämättä tarvinnut olla upseeri; aliupseeri tai jopa miehistön jäsen saattoi kelvata tehtävään. Tärkeää oli kuitenkin olla kykenevä toimimaan paikallisyhteisössä. Paikallispäällikön tuli lisäksi olla vähintään 23-vuotias, kansakoulun käynyt sekä hyväkäytöksinen. Suojeluskuntapiirin tuli hyväksyä paikallispäällikön nimitys. Suurissa suojeluskunnissa perustettiin paikallisesikunnan rinnalle esikunta eli kanslia, joka käytännössä johti suojeluskunnan toimintaa. Kanslian henkilökunnan muodostivat tavallisesti adjutantti, aseupseeri, urheilu-upseeri, talouspäällikkö, lääkäri, vääpeli sekä varastonhoitajat.

Paikallispäällikkö ja esikunta johtivat suojeluskunnan toimintaa, eli käytännössä huolehtivat sotilaskoulutuksen, liikuntakasvatuksen ja muun toiminnan järjestämisestä sekä varainhankinnasta. Tyypillisesti yksi paikallinen suojeluskunta oli noin komppanian vahvuinen, mutta vaihtelu oli suurta. Suojeluskunta jaettiin sotilaalliseen tyyliin usein joukkueisiin ja ryhmiin. Lisäksi suojeluskunnissa saattoi olla erilaisia vastuualueita jaettuna jäsenilleen, kuten varastus, urheilu, ammunta, lääkintä ja niin edelleen.

Suojeluskuntien tuli itsenäisinä yhdistyksinä itse hankkia toimintarahansa, sillä valtion avustus ei riittänyt kuin paikallispäällikön vaatimattomaan palkkaan. Tyypillisiä varainhankintamuotoja olivat kunnalta ja yksityiseltä puolelta saadut määrärahat ja lahjoitukset sekä varainhankintatapahtumat, kuten myyjäiset. Monessa kunnassa määrärahoja saatiin hyvin helposti, mutta vasemmistoenemmistöisissä taas niukasta. Toisaalta esimerkiksi suuret tehtaat tukivat usein suojeluskuntia, sillä toisaalta suojeluskunta turvasi tehtaan toimintaympäristöä ja toisaalta useat tehtaan työntekijät olivat suojeluskunnan jäseniä. Suojeluskuntien toimintamuodoista voi lukea lisää osiosta Toiminta.

Aivan järjestön alkuaikoina tyypillisiä paikallispäällikön tai esikunnan jäsenen ammatteja olivat nimismies, kirkkoherra, opettaja ja apteekkari. Vuonna 1919 jääkärit toimivat 120 suojeluskunnan paikallispäällikkönä, tosin heistä suurin osa siirtyi pian muihin tehtäviin suojeluskuntajärjestössä, armeijassa tai siviilissä. Aikaa myöten esikuntien jäsenyyden edellytyksenä tai ihanteenakaan ei enää ollut sotakokemus vapaussodassa, jääkäriys tai merkittävä asema paikkakunnalla. Tärkeintä oli olla aktiivinen suojeluskuntatoimija. Suojeluskunnat eivät yleisesti ottaen olleet mitään herraklubeja. Suurilla herroilla ei yleensä ollut aikaa tai kiinnostusta paikalliseen suojeluskuntatoimintaan muuten kuin rahallisten avustusten muodossa. Paikalliset suojeluskunnat olivat kuitenkin tärkeitä yhdistyksiä omalla paikkakunnallaan. Niiden toiminta oli usein hyvin näkyvää, ja niissä mukana olo tai ainakin tukeminen oli usein tärkeää, mikäli halusi nousta pitäjässä merkittävään sosiaaliseen asemaan. Suojeluskunta katsottiin etenkin pienillä paikkakunnilla sivistys- ja valistusseuraksi, johon ainakin porvarillisen aatemaailman hyväksyvien tuli kuulua. Sillä oli myös kiinteä yhteys nuoriso- ja urheiluseuroihin, missä myös oli monen suojeluskunnan juuret. Varsinkin 1920-luvulla suojeluskuntiin kuulumattomiin suhtauduttiin epäillen, vaikkeivat olisikaan olleet varsinaisesti punaisia.

Vasemmisto vastusti varsinkin aluksi suojeluskuntia voimakkaasti, ja oli tavallista, että kunnanvaltuustossa yritettiin estää paikallisen suojeluskunnan määrärahat, kuten esimerkiksi Haagan kauppalassa. Työväenyhdistykset muodostivat jossain määrin vastavoiman paikalliselle suojeluskunnalle, tosin tässä oli suuria paikkakuntakohtaisia eroja. Eheytyspolitiikan edetessä työväenliikkeen ja suojeluskuntien suhde kuitenkin lientyi, tosin lopullisesti vasta ”talvisodan hengessä” jos täysin silloinkaan.