Suojeluskuntajärjestön organisaatiossa oli neljä tasoa: valtakunnallinen, maakunnallinen (piirit), alueellinen (suojeluskunta-alueet) ja paikallinen (paikalliset suojeluskunnat). Järjestön alkuaikoina aluetaso tosin puuttui, eli kunkin paikallisen suojeluskunnan päällikkö ja esikunta saivat käskynsä suoraan piiriesikunnalta. Suojeluskunnat jaettiin alueisiin vähitellen. Osassa piireistä, kuten Helsingissä, ei kaikkia aluepäälliköitä edes ehditty pestata. Aluepäälliköitä oli kuitenkin jo 250 vuonna 1930 ja 277 vuonna 1935. Yhteen alueeseen kuului 1-7 suojeluskuntaa ja kuhunkin piiriin 6-25 aluetta. Piirien ja alueiden kesken oli siis suurta kokovaihtelua, mikä johtui piirien ja alueiden hyvin suurista eroavaisuuksista suojeluskuntalaisten määrän ja pinta-alan suhteen. Esimerkiksi Lapin kattaneessa Pohjolan suojeluskuntapiirissä etäisyydet olivat niin suuret, että yhden suojeluskunnan alueita oli useita (Kittilä, Sodankylä, Kemijärvi), muuten aluepäällikkö ei olisi mitenkään ehtinyt liikkua koko alueellaan.
Aluepäälliköiden tehtävänä oli järjestää ja valvoa oman alueensa koulutusta, järjestelyä ja varustusta. Lisäksi sodan aikana aluepäällikkö johtaisi oman alueensa miehistä koottua komppaniaa tai pataljoonaa. Tämän vuoksi virka oli hyvin keskeinen. Tyypillisesti aluepäälliköt olivat aktiiviupseereja ja arvoltaan luutnantteja, kapteeneja tai majureita, tosin mukana oli varsinkin alkuaikoina myös suojeluskuntaupseereja sekä reserviupseereja. 1930-luvun puolivälistä alkaen pyrittiin siihen, etää alueen päällikköllä oli sama aselajikoulutus kuin alueellaan liikekannallepanossa perustettavalla joukolla.
Alla on esimerkki Jyväskylän suojeluskuntapiirin jakautumisesta alueiksi ja suojeluskunniksi talvella 1939. Sulkuihin on merkitty alueen aselaji, jos se on muu kuin jalkaväki.
I alue (tykistö/viesti)
Jyväskylän ja Jyväskylän pitäjän sk
II alue
Laukaan, Lievesvuoren, Suolahden, Äänekosken ja Äänekosken maalaiskunnan sk
III alue (pioneeri)
Hankasalmen, Konneveden ja Sumiaisten suojeluskunnat
IV alue
Pylkönmäen ja Saarijärven sk
V alue
Konginkankaan ja Viitasaaren sk
VI alue
Kannonkosken, Karstulan, Kivijärven ja Kyyjärven sk
VII alue
Pihlajaveden, Virtain ja Ähtärin sk
VIII alue (ratsuväki ja polkupyörä)
Haapamäen, Keuruun ja Multian sk
IX alue
Petäjäveden ja Uuraisten sk
X alue (tykistö)
Jämsän, Jämsänkosken ja Koskenpään sk
XI alue
Korpilahden, Muuramen ja Säynätsalon sk
XII alue
Joutsan, Leivonmäen, Luhangan ja Toivakan sk