Sotavuosina lottien merkitys suojeluskunnille kasvoi ja heidän antamansa taloudellinen tuki kävi entistäkin merkittävämmäksi. Lottien liiketoimintaa oli kehitetty määrätietoisesti jo 1930-luvun alkupuolelta lähtien. Lottien kahviloista, kioskeista, ravintoloista ja majoitusliikkeistä kehkeytyi etenkin sotavuosina kukoistava rahasampo.

Lotta Svärd -järjestö teki talvisodan kynnyksellä myös aloitteen sosiaalisen huolto- ja avustustoiminnan aloittamisesta. Tämä työ kohdistettiin ensisijassa vähävaraisten reserviläisten, suojeluskuntalaisten perheiden ja sisämaahan siirretyn rajaseutuväestön avustamiseen. Lotat valmistautuivat maan hallituksen pyynnöstä myös avustamaan väestökeskusten mahdollisissa evakuoinneissa ja järjestö osallistui Vapaa Huolto -nimisen keskusjärjestön perustamiseen.

Myös ero kotirintaman suojeluskuntalaisen ja lotan velvollisuuksien välillä hämärtyi. Lotat muodostivat huomattavan työvoimareservin ja heitä toimi monissa tehtävissä YH:n ajoista alkaen suojeluskuntapiireissä ja suojeluskunnissa miesten rinnalla. Keräystoiminnassa ja varushuollossa lottien panos oli merkittävä. He suorittivat myös vapaaehtoisesti pakollisia tehtäviä kuten kotiutettujen sotilaiden varusteiden vastaanoton ja huollon.

Suojeluskuntatoiminta integroitui käytännössä osaksi maan puolustusvoimia ja muuttui näin tavallaan aiempaa näkymättömämmäksi, mutta lotille sota-aika toi aivan uudenlaisia ennen kokemattomia mahdollisuuksia. Yksi näistä oli lottakomennukselle lähteminen. Sotatoimialueen lottatyövoimaa koordinoi Rajatoimisto. Noin neljännes komennuksen saaneista lotista työskenteli kotialueella ja muut sotatoimialueella. Lottia oli sotien aikana komennuksella yhteensä noin 90 000 – 95 000, ja jatkosodan jokaisena päivänä komennuksella palveli 13 000 lottaa.