Tässä osiossa keskitytään Suojeluskuntajärjestön rakenteeseen. Painopiste on järjestön lopullisessa tilassa, eli 1930-luvun lopussa. Varhaisempiin aikoihin on viitattu tarpeellisiksi katsotuin osin.

Yksinkertaistettuna Suojeluskuntajärjestön organisaation voidaan katsoa muodostuneen seuraavista osista:

1. Ylipäällikkö apunaan yliesikunta johti (valtakunnallisella tasolla) suojeluskuntajärjestöä. Kuten edellä järjestön perustamisen yhteydessä on selostettu, oli ylipäällikkö ja yliesikunta toki tavallaan alisteisia puolustusministeriölle ja viime kädessä presidentille. Käytännössä ylipäällikkö ja yliesikunta pystyivät kuitenkin johtamaan järjestöä varsin itsenäisesti sotilaallisen käskyhierarkian avulla.
2. Suojeluskuntapiirit ja piiripäälliköt. Suojeluskuntapiirit vastasivat suurinpiirtein maakuntia. Niitä johtivat piiripäälliköt ja piiriesikunnat.
3. Suojeluskunta-alueet ja aluepäälliköt. Kukin piiri oli jaettu useaan alueeseen. Alueet vastasivat sotilasorganisaatiossa suunnilleen pataljoonia tai rykmenttejä. Kutakin aluetta johti aluepäällikkö, mutta sillä ei ollut erillistä esikuntaa. Alueiden merkitys oli ennen kaikkea koulutuksellinen ja toisaalta se toimi liikekannallepanossa alueellisten joukkojen runkona.
4. Paikalliset suojeluskunnat ja paikallispäälliköt. Yleensä yhden kunnan alue muodosti suojeluskunnan, mutta tästä oli myös poikkeuksia. Suurimmissa kunnissa saattoi olla useita suojeluskuntia ja toisaalta suurimmissa suojeluskunnissa useita kyläosastoja, jotka toimivat osittain itsenäisesti. Paikallisia suojeluskuntia johti paikallispäällikkö ja paikallisesikunta.

Rakennetta voi hyvin verrata moneen nykyiseen valtakunnalliseen järjestöön, kuten partioliikkeeseen. Kustakin osastosta ja niissä toimineista suojeluskuntalaisista kerrotaan tarkemmin oheisissa artikkeleissa.